eGospodarka.pl
eGospodarka.pl poleca

eGospodarka.plGrupypl.comp.programming › Re: wy?arzanie
Ilość wypowiedzi w tym wątku: 23

  • 11. Data: 2011-07-11 07:41:26
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: Mariusz Marszałkowski <m...@g...com>

    On Jul 11, 2:01 am, A.L. <l...@a...com> wrote:
    > On Sun, 10 Jul 2011 16:40:44 -0700 (PDT), Mariusz Marszałkowski
    >
    >
    >
    >
    >
    >
    >
    >
    >
    > <m...@g...com> wrote:
    > >On Jul 7, 10:48 am, "sielim" <s...@t...tez.wp.pl> wrote:
    > >> U ytkownik "Mariusz Marsza kowski" <m...@g...com> napisa w wiadomo
    cinews:8c47b527-3333-4ea1-bfbf-d77804583bf7@h12g2000
    vbx.googlegroups.com...
    > >> > Hmm...
    > >> > Czesto sie zastanawiam czy natura nie rozwiaja algorytmow ewolucyjnych
    > >> > na jakiejs zasadzie fraktalnej. Ostatnio pewien skomplikowany proces
    > >> > uproscilem do algorytmu generowania liczby losowej o okreslonym
    > >> > rozkladzie.
    >
    > >> Tu si nie ma co zastanawia , to jest oczywiste :) Tylko, jak wspomina em,
    > >> proces iteracyjny (w kt rym elementarn operacj jest podzia kom rki)
    > >> sam sobie ca y czas modyfikuje parametry steruj ce (mo na si tu powo a
    > >> na termin 'epigenetyka' - ka de kolejne pokolenie kom rek w rozwijaj cej
    > >> si tkance dziedziczy nie tylko geny, ale znacznie wi cej (metylacja i
    > >> acetylacja,
    > >> oraz ca a masa innych mechanizm w sterujacych ekspresj gen w),
    > >> do tego jak wspomnia em, wchodzi w interakcj z produktami poprzednich
    > >> iteracji, a wszystko to jest ograniczone prawami fizycznej przestrzeni.
    > >> Do z o ona ta funkcja fraktalna :)
    > >No wlasnie, wyjaktowo skomplikowany proces dojrzewania i
    > >zycia osobnika od momentu zaplodnienia do jego smierci. Jednak
    > >przebieg tego procesu, a przynajmniej wszystkie istotne cechy
    > >przebiegu, sa zakodowane w DNA. Czyli jesli przyjac teorie
    > >ze jedynym istotnym nosnikiem informacji genetycznej jest
    > >DNA, to proces po zaplodnieniu jest tylko tak skomplikowany
    > >jak skomplikowane moze byc DNA. To tak samo jak z zarodka
    > >liczb losowych mozna wygenerowac bardzo skomlikowane
    > >i dlugie ciagi liczby, jednak jesli algorytm generujacy jest
    > >znany, to ciagi nie sa bardziej skomplikowane niz algorytm i
    > >zarodek.
    >
    > Nieprawda. Proponuje postudiowac teoria chaosu. Takze ksaizke Wolframa
    > New Kind Of Science. Jezt za darmo w sieci.
    > bardzo proste mechanizmy moga posiadac nadzwyczajnie skomplikowane
    > zachowanie
    Nie przecze temu ze proste mechanizmy moga posiadac skomplikowane
    zachowania, ale wszystko zalezy od tego jak rozumiec prosty mechanizm
    i
    skomplikowane zachowanie. Podobienstwo blizniat wskazuje na to ze
    pewne "mechanizmy" sa raczej zdeterminowane przez DNA niz chaotyczne.
    Pozdrawiam


  • 12. Data: 2011-07-11 11:51:58
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: Paweł Kierski <n...@p...net>

    W dniu 2011-07-11 02:01, A.L. pisze:
    [...]
    > Nieprawda. Proponuje postudiowac teoria chaosu. Takze ksaizke Wolframa
    > New Kind Of Science. Jezt za darmo w sieci.
    >
    > bardzo proste mechanizmy moga posiadac nadzwyczajnie skomplikowane
    > zachowanie

    Tu łatwo się złapać w pułapkę obliczeń numerycznych. W deterministycznym
    komputerze znajomość zarodka generatora i algorytmu generatora jest
    wystarczającą informacją do odtworzenia zachowania (ekstrapolacji
    wyników). W rzeczywistości bywa gorzej: dokładność pomiaru (a na końcu
    pan Heisenberg) nie pozwalają na ustalenie "zarodka" oraz parametrów
    "algorytmu". I mamy chaos, bo drobny błąd początkowy po N iteracjach
    jest porównywalny z wartością.

    To jest to miejsce, gdzie symulacja komputerowa będzie tylko symulacją.

    --
    Paweł Kierski
    n...@p...net


  • 13. Data: 2011-07-11 18:57:03
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: A.L. <l...@a...com>

    On Mon, 11 Jul 2011 13:51:58 +0200, Pawe? Kierski <n...@p...net>
    wrote:

    >W dniu 2011-07-11 02:01, A.L. pisze:
    >[...]
    >> Nieprawda. Proponuje postudiowac teoria chaosu. Takze ksaizke Wolframa
    >> New Kind Of Science. Jezt za darmo w sieci.
    >>
    >> bardzo proste mechanizmy moga posiadac nadzwyczajnie skomplikowane
    >> zachowanie
    >
    >Tu łatwo się złapać w pułapkę obliczeń numerycznych. W deterministycznym
    >komputerze znajomość zarodka generatora i algorytmu generatora jest
    >wystarczającą informacją do odtworzenia zachowania (ekstrapolacji
    >wyników).

    Owszem, gdy mamy algorytm, mzoeny sobie dowolnie oblicac wartosci
    produkwoane pzrez jakikolwiek algorytm, dopoki... dopoki na przykald
    bledy zaokraglen nie psowoduja ze obliczane wartosci maja malo
    wspolnego z wartoscuami teoretycznymi. Dzieje sei tak na przykald gdy
    usilujemy numerycznie rozwiazywac roznania rozniczkowe posiadajace
    rozwiazania chaotyczne. Dosyc szybko rozwiazania numeryczne i
    analirtyczne "rozjezdzaja sie" i nic sie na to nie poardzi.

    >W rzeczywistości bywa gorzej: dokładność pomiaru (a na końcu
    >pan Heisenberg) nie pozwalają na ustalenie "zarodka" oraz parametrów
    >"algorytmu". I mamy chaos, bo drobny błąd początkowy po N iteracjach
    >jest porównywalny z wartością.

    Nic to nei ma wspolnego z dokladnoscia pomiaru. W teorii automatow
    komorkowych dowodz isei ze istnieje cala obszerna klasa tyc hautomatow
    posiadajacz te wlasciwosc ze nei da sie odtworzyc mechanizmu
    generujacego na podsatwie obserwacji. Podobnie jest z ukladami
    dynamicznymi ktore nie posiadaja wlascisosci zwanej "obserwowalnoscia"

    A.L.


  • 14. Data: 2011-07-11 19:03:40
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: A.L. <l...@a...com>

    On Mon, 11 Jul 2011 00:41:26 -0700 (PDT), Mariusz Marszałkowski
    <m...@g...com> wrote:

    >On Jul 11, 2:01 am, A.L. <l...@a...com> wrote:
    >> On Sun, 10 Jul 2011 16:40:44 -0700 (PDT), Mariusz Marszałkowski
    >>
    >>
    >> Nieprawda. Proponuje postudiowac teoria chaosu. Takze ksaizke Wolframa
    >> New Kind Of Science. Jezt za darmo w sieci.
    >> bardzo proste mechanizmy moga posiadac nadzwyczajnie skomplikowane
    >> zachowanie
    >Nie przecze temu ze proste mechanizmy moga posiadac skomplikowane
    >zachowania, ale wszystko zalezy od tego jak rozumiec prosty mechanizm
    >i
    >skomplikowane zachowanie.

    Zamiast zaczynac od "grubej rury" (DNA), moze zaczac od czegos malego?
    na przyklad:

    SIMPLE MATHEMATICAL MODELS WITH VERY COMPLICATED DYNAMICS
    http://nedwww.ipac.caltech.edu/level5/Sept01/May/May
    .ps

    No i zeby dyskutowac o DNA to moze w tej dziedzinei tzreba miec jakeis
    wyksztalcenie? Inaczej to wyglada tak jakby polonista wymadrzal sie o
    systemach operacyjnych

    A.L.


  • 15. Data: 2011-07-11 20:14:41
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: Mariusz Marszałkowski <m...@g...com>

    On Jul 11, 9:03 pm, A.L. <l...@a...com> wrote:
    > On Mon, 11 Jul 2011 00:41:26 -0700 (PDT), Mariusz Marszałkowski
    >
    > <m...@g...com> wrote:
    > >On Jul 11, 2:01 am, A.L. <l...@a...com> wrote:
    > >> On Sun, 10 Jul 2011 16:40:44 -0700 (PDT), Mariusz Marszałkowski
    >
    > >> Nieprawda. Proponuje postudiowac teoria chaosu. Takze ksaizke Wolframa
    > >> New Kind Of Science. Jezt za darmo w sieci.
    > >> bardzo proste mechanizmy moga posiadac nadzwyczajnie skomplikowane
    > >> zachowanie
    > >Nie przecze temu ze proste mechanizmy moga posiadac skomplikowane
    > >zachowania, ale wszystko zalezy od tego jak rozumiec prosty mechanizm
    > >i
    > >skomplikowane zachowanie.
    >
    > Zamiast zaczynac od "grubej rury" (DNA), moze zaczac od czegos malego?
    > na przyklad:
    >
    > SIMPLE MATHEMATICAL MODELS WITH VERY COMPLICATED
    DYNAMICShttp://nedwww.ipac.caltech.edu/level5/Sept01
    /May/May.ps
    >
    > No i zeby dyskutowac o DNA to moze w tej dziedzinei tzreba miec jakeis
    > wyksztalcenie? Inaczej to wyglada tak jakby polonista wymadrzal sie o
    > systemach operacyjnych

    Do stwierdzenia ze w naturze takie same genotypy prowadza do bardzo
    podobnych fenotypow nie potrzeba szczegolnego wyksztalcenia,
    wystarczy zauwazyc ze potomstwo krowy nie przypomina konia,
    albo wystarczy podobienstwo blizniat. Tak samo oczywiste jest
    ze wylosowanie bardzo dlugiego ciagu genow jest maloprawdopodobne
    nawet przez miliardy lat. Mam nadziej ze ktos bardziej wyksztalcony
    w tym kierunku niz ja bedzie sie wtracal do dyskusji.

    Jeszcze apropo skali trudnosci ktora zdaje sie byc lecewazona
    przez "darwina". Kilka postow wyzej padl przyklad szachow.
    No wezmy ta gre. Zalozym ze optymalna strategia konczy sie
    po 100 ruchach. Wezmy dobry algorytm, taki co przeszukuje
    drzewo ze srednim poziomem rozgalezienia 5. Czyli mamy
    5^100 wezlow. Wezmy szybki procesor, taki co sprawdza
    1mln wezlow na sekunde. Na kazdym metrze kwadratowym
    powierzchni postawym jeden komputer. Niech algorytm
    zrownolegla sie liniowo i nech liczy owe 4mld lat. Ile
    wezlow przeszuka? okolo 2*10^38. A to tylko 64 pola i
    12 roznych klockow.

    Jakby ewolucja poslugiwala sie nowoczesnymi komputerami,
    najnowszymi algorytmami to nawet gry w szachy by nie
    zdazyla rozwiazac. A genetyka to odpowiednik przeszukiwania na
    planszy ktora ma miliony pol... Skutecznosc natury jest
    zadziwiajaca.

    Pozdrawiam


  • 16. Data: 2011-07-12 09:21:27
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: "sielim" <s...@t...tez.wp.pl>

    Uzytkownik "Mariusz Marszalkowski" <m...@g...com> napisal w wiadomosci
    news:8bd0206a-d8a0-4760-83e9-1d8c690fb87a@y13g2000yq
    y.googlegroups.com...

    > Jednak przebieg tego procesu, a przynajmniej wszystkie istotne cechy
    > przebiegu, sa zakodowane w DNA. Czyli jesli przyjac teorie
    > ze jedynym istotnym nosnikiem informacji genetycznej jest
    > DNA, to proces po zaplodnieniu jest tylko tak skomplikowany
    > jak skomplikowane moze byc DNA.
    Ok, ale warto tez zauwazyc, ze DNA jest bardzo skomplikwane,
    przynajmniej w sensie ilosci informacji, która ze soba niesie.
    Ponadto uwazalbym bardzo na to, czy przy takich uogólnieniach
    jak powyzej, cos nam przypadkiem nie umyka. Np. wezmy
    takie twierdzenie: wszechswiat jest tylko tak zlozony, jak
    zlozone sa jego cegielki, czyli liczba trzy: proton, elektron,
    neutron :) Oczywiscie poszedlem w skrajnosc. Natomiast
    zeby byc blizej tego, co podales, wezmy na stól
    zlozony algorytm kompresji-dekompresji (a bardziej interesuje
    nas w kontekscie tematu algorytm dekompresji). Zalózmy,
    ze algorytm zostal wyspecjalizowany do kompresji jakiejs
    szczególnej klasy/typu informacji, która ma swoje
    charakterystyczne cechy - typowe ciagi, powtórzenia ciagów,
    jakies bardziej zlozone, ale powtarzajace sie w róznych
    kombinacjach relacje i zaleznosci miedzy poszczególnymi
    elementami. Algorytm jest zas maksymalnie zoptymalizowany
    do kompresji-dekompresji tego typu informacji.
    Taka konstrukcja daje/moze dac kilka efektów: po pierwsze
    mozemy ulegac zludzeniu zlozonosci jego produktów (po
    dekompresji) - tak jak 'ulegamy zludzeniu' zlozonosci fraktali.
    Druga sprawa: algorytm moze miec taka ceche, ze losowe
    modyfikacje skompresowanej tresci, po dekompresji daja
    równiez sensowne zlozone tresci, pelne 'dodanych' przez sam
    algorytm zaleznosci. Mówiac krótko: daja informacje nalezace
    do wskazanej wczesniej klasy informacji. Moze byc nawet tak,
    ze algorytm nie potrafi w ogóle skompresowac i dekompresowac
    informacji wychodzacych poza wskazana klase.
    Na tej analogii mozna sie odniesc do tego, co Ty wczesniej
    napisales: po pierwsze byc moze powszechnie ulegamy zludzeniu
    zlozonosci, a raczej 'unikalnosci', a zaniedbujemy obserwacje
    podobienstw. Dodalbym, ze moze miec to podstawy zupelnie
    naturalnego dla czlowieka antropocentrycznego podejscia
    do swiata oraz do selektywnie dzialajacych mechanizmów
    rozpoznawania róznic i podobienstw (przykladowo:
    dostrzegamy ogromna liczbe niuansów w twarzach ludzkich
    we wlasnej grupie rasowej, a wszyscy czarni to czarni,
    na pewno nie zólci i na pewno nie moja rodzina :). O rozróznianiu
    pingwinów czy pasikoników nie wspomne.
    Tymczasem w swiecie genów sprawy czesto sa znacznie prostsze.
    Dla nas swiat roslin i zwierzat to dwa rózne swiaty, jeden samozywny
    drugi cudzozywny itp itd, a na poziomie genów mozna sie pokusic
    o takie uproszczenie: rózni je to, ze w jednym pojawil sie zielony
    chlorofil a w drugim jedna z podstawowych jest czerwona
    hemoglobina. Niby dwa swiaty, a prosze poszukac, czym róznia
    sie te dwie klasy czasteczek, od strony chemicznej.


    > Pomimo takiego uproszczenia nadal nie trzyma sie kupy
    > teoria ze powstalismy w wyniku krzyzowania, selekcji i
    > losowej mutacji :)
    A byc moze ulgamy zludzeniu wlasnej unikalnosci i odrebnosci ?
    Jakie sa róznice miedzy siecia neuronów, siecia naczyn
    krwionosnych a siecia wiazek przewodzacych w roslinach ?
    Fundamentalne ? Duze ? Spore ?

    > Niektore gatunki, zwlaszcza roslin, zyja bardzo dlugo.
    > Jesli gatunek utrzymuje swoja licznosc, to oznacza ze
    > srednio jeden osobnik wydaje na swiat jednego potomka w
    > swoim calym zyciu.
    Chyba poszedles na skróty. Umknelo Ci zjawisko smierci.
    Tylko jeden potomek, srednio, ma potomka. A ilu ich
    po drodze sie urodzilo, tylko po to, zemrzec bez
    potomków ?
    Mozna sie oczywiscie zastanawiac nad szybkoscia ewolucji
    u owadów typu przczoly/mrówki/..., czy cykady, które
    potrafia sie pojawiac masowo raz na kilkanascie lat (ciekawostka:
    preferowane sa liczby pierwsze).
    Ale czasu bylo jednak sporo. Jak myslisz, jaka jest masa
    jest obecnie wielkosc populacji wszystkich królowych
    mrówek/pszczól/os/szerszeni/trzmieli/termitów/ ... na ziemi ?
    A ile jest np. os, które nie tworza kolonii ?

    > przestrzeni milionow lat. Przeciez to nie moglo byc tak, ze gdy
    > pojawiala sie nowa odrobine lepsza mutacja, to od razu wypierala
    > wszystkie stare gorsze. Skoro te stare przezyly to prawdopodobnie
    > tez byly dobrze przystosowane i naturalny proces wypierania
    > moze zajmowac miliony pokolen. Nie bylo na tej planecie czasu
    > na cos takiego.
    Trzeba by przesledzic na konkrecie, co to bylo i jak szybko rozwijali
    sie przodkowie. Ewolucja po prostu mogla w pewnym momencie
    zwolnic i my obsrwujemy te organizmy na tym etapie.

    >Idea AG jest taka, ze rozne mutacje niezaleznie przetestowaly
    >jakas ceche, a nastepnie w wyniku krzyzowania cechy pozytywne
    >zostaly polaczone. Taki algorytm owszem jest brdzo wydajny i
    >owe 4mld lat mogly stanowic wystarczajaca ilosc. Ale czy
    >naturalny AG faktycznie tak dziala? Komputerowe symulacje
    >na pewno nie :)
    Jak juz wspominalem - róznic miedzy natura a AG jest bardzo
    wiele. Potencjal tkwiacy w duplikacji genów - w AG jest
    nie do uzycia w standardowej architekturze jednego procesora
    zupelnie nie ten potencjal obliczeniowy. Mozna tylko sobie robic
    symulacje badajace efektywnosc samej ewolucji. I wiele, wiele
    innych spraw.


    > Powstanie jednej sensownej cechy w wyniku
    > mutacji wydaje sie malo proawdopodobne, a mutacja dajaca kilka
    > dobrych i wspolpracujacych z soba cech to juz w ogole zakrawa
    > na cos niemozliwego.
    Prosze przyjac wtedy troche inne zalozenia (ale biore 'z czapki'):
    95% mutacji w momencie powstawania jest neutralna, 0,01%
    jest aktywna. Dla uproszczenia zalóz, ze kazda mutacja
    aktywna cos pogarsza, a cos poprawia, np. zwieksza
    mase miesniowa wokól nosa, co go zweza i utrudnia
    oddychanie (np. w czasie ucieczki), ale za to zwieksza
    mozliwosci jego kontroli - pozwala calkowicie zamknac
    nos pod woda bez uzycia rak - poprawia zdolnosc ucieczki
    pod wode. Czyli zawsze masz koszt i zysk. Do tego
    dodaj 4,99% mutacji, które sa aktywne ale tylko w polaczeniu
    z innymi mutacjami, które juz powstaly (jako neutralne,
    tysiac lat temu) w populacji, tylko musi dojsc
    gdzies do spotkania. Moze dopiero za tysiac lat.


    > Jeden osobnik np. stracil wage i moze wyzej
    > skakac podczas polowania na owady. Drugi wytworzyl ciut
    > grubsza skore i jest odporniejszy na negatywne oddzialywanie
    > srodowiska. Po skrzyzowaniu mamy osobnika ktory nie ma sily
    > dzwigac nowego pancerza... Opisany powyzej przypadek
    > jest oczywiscie i tak mocno wyidealizowany. W praktyce
    > po skrzyzowaniu takich dwoch osobnikow mozemy uzyskac
    > osobnika nie majacego zadnej z dwoch nowo powstalych cech.
    No dobra, to dlaczego AG dzialaja ? :)
    Zawsze mozemy mnozyc przyklady, w których 'innowacje' ewolucyjne
    sie znosza i nie daja nic sensownego.
    Bledy w powyzszym mysleniu widze takie: za duze skupienie na pojedynczych
    osobnikach, za malo mowy o calej populacji. Jesli jest to jakas populacja
    prymitywnych owadów, to byc moze bedzie to skutkowac tym, ze
    te wyzej skaczace beda kopulowac na wyzszych galeziach, a te odporniejsze
    w dolkach w ziemi - i z czasem obsadza dwie rózne nisze ekologiczne, gatunki
    sie rozejda. Jesli beda to organizmy wysoko-rozwiniete tworzace
    silnie zwiazane spolecznosci, to byc moze wiezy spoleczne przewaza
    i po prostu beda sie rodzic rózne osobniki, ale ich odmiennosc nie bedzie
    sie poglebiac. Jakis jeden czynnik losowy, np. ciezka zima moze
    spowodowac, ze jednego roku wymrze 80% tych z genem skocznosci,
    a tylko 20% tych z genem odpornosci. nastapi przesianie, sprofilowanie,
    ukierunkowanie populacji. Dodatkowo, przy okazji, wyprowowany
    zostanie inny gen: gen preferencji u samic, by wybierac samców odpornych
    (wyczuja to nosem ?), a nie skocznych. Ostra zima moze wystapic
    np 2000 lat po samym fakcie mutacji.

    > Raczej nie ma czegos takiego jak sprytne dziedziczenie pozytywnych
    > cech w wyniku losowego krzyzowania. W wyniku losowego
    > krzyzowania powstaje nastepna losowa kombinacja cech.
    > Mamy zwykle losowe przeszukiwanie przestrzeni rozwiazan, a
    > losowe przeszukiwanie ma zlozonosc wykladnicza, na
    > ktora nie bylo czasu.
    To zalezy od tego, jaka przestrzen przeszukujemy :) Algorytm
    dekompresji wyznacza sciezki rozwoju :)

    > Albo zycie na tej planecie trwa dluzej, albo powstalismy w
    > wyniku bardzo wyrafinowanego procesu, znacznie lepszego
    > niz mutacja, slekcja i krzyzowanie.
    Ja sie nie wtracam w kwestie tego, jak powstala pierwsza komórka.
    To jest kosmos. Mozna sobie ew. podumac np. nad czyms takim:
    http://pl.wikipedia.org/wiki/Kodon
    To jest jeden z najstarszych znanych elementów calej tej ukladanki,
    niemal identyczny we wszystkich znanych organizmach zywych.
    Pytania:
    1. czy jest to tabela skonstruowana optymalnie ? Czy ma jakies
    znaczenie, ze tryptofan ma 1 kodon, a kilka innych az 6 (czy nawet
    chyba jakistam ma 7) ? Mozna zadac pytania bardziej konkretne, np.
    przebadac statystycznie jak wyglada zuzycie róznych aminokwasów
    w bialkach - i jak te proporcje maja sie do tabelki.
    2. Jak konstrukcja tabelki chroni przed bledami/mutacjami, a gdzie
    mutacje promuje ?
    3. Dlaczego jednak tabelka nie jest identyczna u wszystkich ? :)
    Czyzby nawet w tej podstawowym, 'maksymalnie przepracowanym'
    elemencie tez zostaly jeszcze slady stopniowej ewolucji ?


  • 17. Data: 2011-07-12 12:14:00
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: Paweł Kierski <n...@p...net>

    W dniu 2011-07-11 20:57, A.L. pisze:
    > On Mon, 11 Jul 2011 13:51:58 +0200, Pawe? Kierski<n...@p...net>
    > wrote:
    >
    >> W dniu 2011-07-11 02:01, A.L. pisze:
    >> [...]
    >>> Nieprawda. Proponuje postudiowac teoria chaosu. Takze ksaizke Wolframa
    >>> New Kind Of Science. Jezt za darmo w sieci.
    >>>
    >>> bardzo proste mechanizmy moga posiadac nadzwyczajnie skomplikowane
    >>> zachowanie
    >>
    >> Tu łatwo się złapać w pułapkę obliczeń numerycznych. W deterministycznym
    >> komputerze znajomość zarodka generatora i algorytmu generatora jest
    >> wystarczającą informacją do odtworzenia zachowania (ekstrapolacji
    >> wyników).
    >
    > Owszem, gdy mamy algorytm, mzoeny sobie dowolnie oblicac wartosci
    > produkwoane pzrez jakikolwiek algorytm, dopoki... dopoki na przykald
    > bledy zaokraglen nie psowoduja ze obliczane wartosci maja malo
    > wspolnego z wartoscuami teoretycznymi.
    [...]

    To właśnie miałem na myśli pisząc o "pułapce obliczeń numerycznych".
    One dają błędy wprawdzie inne niż błędy pomiaru, ale efekt dla
    algorytmów tej klasy jest z grubsza podobny.

    --
    Paweł Kierski
    n...@p...net


  • 18. Data: 2011-07-14 02:20:44
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: Mariusz Marszałkowski <m...@g...com>

    On Jul 12, 11:21 am, "sielim" <s...@t...tez.wp.pl> wrote:
    > Ok, ale warto tez zauwazyc, ze DNA jest bardzo skomplikwane,
    > przynajmniej w sensie ilosci informacji, która ze soba niesie.
    Tak, oczywiscie, wlasciwie caly czas nic innego nie chce podkreslic
    jak to, ze ilosc informacji prawdopodobnie jest ogromna.

    > Ponadto uwazalbym bardzo na to, czy przy takich uogólnieniach
    > jak powyzej, cos nam przypadkiem nie umyka.
    Umyka nam wiele, ale celowo chcialem tak brutalnie uproscic
    cale gatunki do ciagu informacji zakodowanej w genotypie. Wplyw
    otoczenia na rozwoj po i przed zaplodnieniem to niezwykle
    ciekawy temat, ale czy mozna w ogole cokolwiek sensownego
    powiedziec w tej kwesti? Wydaje sie to za bardzo skomplikowane.
    Jakie sily fizyczne powoduja ze zwierzeta np. potrafia gromadzic
    pokarm na zime, wiedza jaki pokarm, wiedza jaka ilosc, wiedza jak
    go przechowywac, jak transportowac, jak przygotowac dla potomstwa,
    itd.

    Rozsadna obserwacja wydaje sie fakt, ze podobny genotyp daje
    podobne fenotypy. W zgodzie z rozsadkiem mozna przyjac
    ze pewne cechy osobnikow sa zdeterminowane przez kod
    genetyczny.

    > Np. wezmy
    > takie twierdzenie: wszechswiat jest tylko tak zlozony, jak
    > zlozone sa jego cegielki, czyli liczba trzy: proton, elektron,
    > neutron :) Oczywiscie poszedlem w skrajnosc. Natomiast
    > zeby byc blizej tego, co podales, wezmy na stól
    > zlozony algorytm kompresji-dekompresji (a bardziej interesuje
    > nas w kontekscie tematu algorytm dekompresji). Zalózmy,
    > ze algorytm zostal wyspecjalizowany do kompresji jakiejs
    > szczególnej klasy/typu informacji, która ma swoje
    > charakterystyczne cechy - typowe ciagi, powtórzenia ciagów,
    > jakies bardziej zlozone, ale powtarzajace sie w róznych
    > kombinacjach relacje i zaleznosci miedzy poszczególnymi
    > elementami. Algorytm jest zas maksymalnie zoptymalizowany
    > do kompresji-dekompresji tego typu informacji.
    > Taka konstrukcja daje/moze dac kilka efektów: po pierwsze
    > mozemy ulegac zludzeniu zlozonosci jego produktów (po
    > dekompresji) - tak jak 'ulegamy zludzeniu' zlozonosci fraktali.
    > Druga sprawa: algorytm moze miec taka ceche, ze losowe
    > modyfikacje skompresowanej tresci, po dekompresji daja
    > równiez sensowne zlozone tresci, pelne 'dodanych' przez sam
    > algorytm zaleznosci. Mówiac krótko: daja informacje nalezace
    > do wskazanej wczesniej klasy informacji. Moze byc nawet tak,
    > ze algorytm nie potrafi w ogóle skompresowac i dekompresowac
    > informacji wychodzacych poza wskazana klase.
    Oczywiscie tak jest. Np. ciagi wygenerowane przez wszelkie
    generatory liczb pseudolosowych. Moga miec potwornie
    dlugi okres, wydaja sie chaotyczne, a da sie je skompresowac
    do postaci kilku poczatkowych parametrow.

    > Na tej analogii mozna sie odniesc do tego, co Ty wczesniej
    > napisales: po pierwsze byc moze powszechnie ulegamy zludzeniu
    > zlozonosci, a raczej 'unikalnosci', a zaniedbujemy obserwacje
    > podobienstw. Dodalbym, ze moze miec to podstawy zupelnie
    > naturalnego dla czlowieka antropocentrycznego podejscia
    > do swiata oraz do selektywnie dzialajacych mechanizmów
    > rozpoznawania róznic i podobienstw (przykladowo:
    > dostrzegamy ogromna liczbe niuansów w twarzach ludzkich
    > we wlasnej grupie rasowej, a wszyscy czarni to czarni,
    > na pewno nie zólci i na pewno nie moja rodzina :). O rozróznianiu
    > pingwinów czy pasikoników nie wspomne.
    > Tymczasem w swiecie genów sprawy czesto sa znacznie prostsze.
    > Dla nas swiat roslin i zwierzat to dwa rózne swiaty, jeden samozywny
    > drugi cudzozywny itp itd, a na poziomie genów mozna sie pokusic
    > o takie uproszczenie: rózni je to, ze w jednym pojawil sie zielony
    > chlorofil a w drugim jedna z podstawowych jest czerwona
    > hemoglobina. Niby dwa swiaty, a prosze poszukac, czym róznia
    > sie te dwie klasy czasteczek, od strony chemicznej.
    Zgadza sie, zalezy w jaki sposob dokonywac porownania, co
    jest podobne a co odmienne? Jesli wziac trzy wiadra, wrzucic
    do nich kolejno protony, neutrony i elektrony, to pewnie bysmy
    doszli do wniosku ze wszystkie ssaki roznia sie tylko masa ciala.
    Na poziomie pierwiastkow pewnie tez byloby bardzo podobnie,
    na poziomie glownych substancji chemicznych tez - glownie
    woda.

    Podobnie jest z kostkami do gry. Mozna do kubelka A i kubelka
    B wrzucic np. po 100 kostek do gry. W kazdym jest to samo. I
    w jednym i w drugim jest 100 kostek - mamy obraz podobny. Ale
    jesli wezmiemy pod uwage ktora scianka kostki przylegaja do dna
    kubelka to uzyskamy obraz odmienny. Gdy kostkom przed wrzuceniem
    do kubelka nadamy numery od 1 do 100 to uzyskamy jeszcze mniej
    podobny efekt. Kostki uloza sie w stu cyfrowa liczbe w systemie
    szostkowym.
    Mozna pojsc w takich rozwazaniach dowolnie daleko, np. mozna na
    dnie kubelkow narysowac siatke i oczkom siatki przypisac numery...

    Ale nie chodzi o to aby sie licytowac w wymyslaniu coraz prostszych,
    albo w coraz bardziej skomplikowanych modelach. Chodzi oto zeby
    ustalic model podobnie skomplikowany jak genotyp. Jak to jest w
    genetyce? Jaka miara podobienstwa jest najbardziej rozsadna?
    W genetyce wazne sa pozycje i wartosci genow - mamy do czynienia z ta
    trudniejsza wersja - wazne sa te numerki, nie tylko ilosci. Pewien
    procent
    genow musi byc na okreslonych pozycjach. W uproszczeniu genotyp to
    taka liczba o dlugosci milionow cyfr ktora jest punktem startowym
    dla
    jakiegos algorytmu. Pewne efekty pracy tego algorytmu sa
    zdeterminowane,
    inne zaleza od srodowiska zewnetrznego, a moze sa i takie ktore sa
    calkowicie losowe.

    > A byc moze ulgamy zludzeniu wlasnej unikalnosci i odrebnosci ?
    > Jakie sa róznice miedzy siecia neuronów, siecia naczyn
    > krwionosnych a siecia wiazek przewodzacych w roslinach ?
    > Fundamentalne ? Duze ? Spore ?
    Zalozmy ze masz racje i ulegamy zludzeniu roznorodnosci.
    Jakie wynikaja z tego wnioski? Jesli rzeczywiscie roznic
    nie ma duzo pomiedzy poszczegolnymi gatunkami, to znacza
    ze one sa zrobione na jedno kopyto - szczegolnie koptyne ;-)
    A tak powaznie, to w calym genotypie moze byc bardzo malo
    informacji, a bardzo duzo szumu, powstalego w wyniku wlasnie
    losowej ewolucji. Np. moze byc tylko istotna kombinacja
    jakis 100 genow, a reszta to malo istotne dodatki. Sto genow
    to liczba akurat do zoptymalizowania na naszej planecie w
    ciagu ostatnich 4mld lat. Jesli tylko mala ilosc genow jest
    wazna, to mamy do czynienia ze stosunkowo bardzo prostym
    zarodkiem ktory inicjuje algorytm... budujacy czlowieka.
    Wiec miedzy innymi przepis na sztuczna inteligencje jest
    stosunkowo prosty.

    Ale czy tak jest? Mocno zmutowany kod genetycznych
    uniemozliwi wzrost i rozwoj osobnika. Raczej wazna
    jest zdecydowanie wieksza czesc genow niz 100 sztuk.
    Raczej mamy ogromna ilosc waznych genow i mamy
    kodowanie pozycyjne a wiec wzrost wykladniczy. Ja mysle ze
    ludzie ulegaja innemu zludzeniu, a mianowicie zludzeniu
    podobienstwa :)

    Np. mam zagrozenie radioaktywne i do poziomu krytycznego
    brakuje dwoch jednostek. Rodzi sie panika, przeicez tylko
    TYLKO DWIE, zaraz pewnie wszyscy poumieramy. Ale dwie
    jednostki w skali wykladniczej. To sie tylko wydaje ze brakuje
    tylko dwoch. Podobnie poszla w swiat informacja ze
    czlowiek od szympansa ma niewiele dluzszy genotyp i
    kazdy kto nie zdaje sobie sprawy z szybkosci wzrostu
    wykladniczego uznal ze jestesmy tacy sami jak
    malpy.

    We wzroscie wykladniczym bardzo szybko wyczerpuja
    sie dowolne znane fizyczne zasoby. Mamy np. liczbe 10^10.
    Wydaje sie ze ta liczba jest bardzo mala - tylko do
    potegi dziesiatej. Moze racja, 10^10 to jest malo, mozna
    dac po okolo jednej liczbie kazdemu czlowiekowi i liczby
    sie wyczerpia. Dodajmy do wykladnika jeszcze jedna
    dziesiatke, mamy teraz 10^20. Znowu wydaje sie ze
    jest malo, dodalismy tylko 10. Ale zeby rozdac ten zbior
    liczb, to bysmy musieli zasiedlic cala galaktyke. Dodanie
    kolejnej dziesiatki moze wyczerpuje wszystkie znane
    galaktyki. Nastepna dziesiatka wyczerpuje oszacowanie
    czasu - bysmy musieli zasiedlac caly kosmos i rozdawac
    po jednej liczbie co roku. Jeszcze 2-3 dziesiatki do
    wykladnika i wyczerpia sie zasoby na poziomie molekularnym...

    A kod genetyczny czlowieka o ile genow jest dluzszy od
    kodu szympansa? Zdaje sie ze o kilkaset. Czyli do
    wykladnika dodajemy nie kolejna dziesiatke, ale dodajemy
    kilkaset! I to dodajemy do wiekszego wykladnika!
    Jak wierzyc ze ulegamy zludzeniu roznorodnosci
    jesli zdamy sobie sprawe ze wzrostu wykladniczego?
    Raczej ulegamy zludzeniu podobienstwa. Wydaje sie nam
    ze jakis organ w wyniku ewolucyjnego przystosowania
    uzyskal lepsze parametry, wydaje sie tak bo: ma tylko troche
    inna wage, tylko troche inny ksztalt, a wtrzymalszy jest
    tylko w tych miejscach gdzie potrzeba. Tak patrzac na
    sprawe uzyskujemy zludzenie drobnych poprawek ktore
    doprowadzily do wyewoluowania wszystkich gatunkow.
    Ale zadajac sobie sprawe z szybkosci wzrostu wykladniczego
    zupelnie zadnego podobienstwa juz nie ma.

    Ale oczywiscie trudno zaprzeczyc ze ewolucja byla... Wiec
    ewolucji cos pomagalo (np. jakis algorytm oparty na prawach
    biochemicznych) uzyskac taka ogromna skutecznosc.
    Najciekawesze jest pytanie co jej pomagalo? To ze
    pomocy byla w swielte zlozonosci wykladniczej jest
    oczywiste.

    Pozdrawiam!
    P.S.
    Przepraszam ze nie odpisuje na ponizsze, ale jak juz
    wspominalem nie mam wykszalcenia biochemicznego.
    Bardziej mi zalezy na naprwoadzeniu dyskusji na taki
    tor jak powyzej, a potem moge tylko poczytac co
    ciekawego napisza inni :)


    > > Niektore gatunki, zwlaszcza roslin, zyja bardzo dlugo.
    > > Jesli gatunek utrzymuje swoja licznosc, to oznacza ze
    > > srednio jeden osobnik wydaje na swiat jednego potomka w
    > > swoim calym zyciu.
    >
    > Chyba poszedles na skróty. Umknelo Ci zjawisko smierci.
    > Tylko jeden potomek, srednio, ma potomka. A ilu ich
    > po drodze sie urodzilo, tylko po to, zemrzec bez
    > potomków ?
    > Mozna sie oczywiscie zastanawiac nad szybkoscia ewolucji
    > u owadów typu przczoly/mrówki/..., czy cykady, które
    > potrafia sie pojawiac masowo raz na kilkanascie lat (ciekawostka:
    > preferowane sa liczby pierwsze).
    > Ale czasu bylo jednak sporo. Jak myslisz, jaka jest masa
    > jest obecnie wielkosc populacji wszystkich królowych
    > mrówek/pszczól/os/szerszeni/trzmieli/termitów/ ... na ziemi ?
    > A ile jest np. os, które nie tworza kolonii ?
    >
    > > przestrzeni milionow lat. Przeciez to nie moglo byc tak, ze gdy
    > > pojawiala sie nowa odrobine lepsza mutacja, to od razu wypierala
    > > wszystkie stare gorsze. Skoro te stare przezyly to prawdopodobnie
    > > tez byly dobrze przystosowane i naturalny proces wypierania
    > > moze zajmowac miliony pokolen. Nie bylo na tej planecie czasu
    > > na cos takiego.
    >
    > Trzeba by przesledzic na konkrecie, co to bylo i jak szybko rozwijali
    > sie przodkowie. Ewolucja po prostu mogla w pewnym momencie
    > zwolnic i my obsrwujemy te organizmy na tym etapie.
    >
    > >Idea AG jest taka, ze rozne mutacje niezaleznie przetestowaly
    > >jakas ceche, a nastepnie w wyniku krzyzowania cechy pozytywne
    > >zostaly polaczone. Taki algorytm owszem jest brdzo wydajny i
    > >owe 4mld lat mogly stanowic wystarczajaca ilosc. Ale czy
    > >naturalny AG faktycznie tak dziala? Komputerowe symulacje
    > >na pewno nie :)
    >
    > Jak juz wspominalem - róznic miedzy natura a AG jest bardzo
    > wiele. Potencjal tkwiacy w duplikacji genów  - w AG jest
    > nie do uzycia w standardowej architekturze jednego procesora
    > zupelnie nie ten potencjal obliczeniowy. Mozna tylko sobie robic
    > symulacje badajace efektywnosc samej ewolucji. I wiele, wiele
    > innych spraw.
    >
    > > Powstanie jednej sensownej cechy w wyniku
    > > mutacji wydaje sie malo proawdopodobne, a mutacja dajaca kilka
    > > dobrych i wspolpracujacych z soba cech to juz w ogole zakrawa
    > > na cos niemozliwego.
    >
    > Prosze przyjac wtedy troche inne zalozenia (ale biore 'z czapki'):
    > 95% mutacji w momencie powstawania jest neutralna, 0,01%
    > jest aktywna. Dla uproszczenia zalóz, ze kazda mutacja
    > aktywna cos pogarsza, a cos poprawia, np. zwieksza
    > mase miesniowa wokól nosa, co go zweza i utrudnia
    > oddychanie (np. w czasie ucieczki), ale za to zwieksza
    > mozliwosci jego kontroli - pozwala calkowicie zamknac
    > nos pod woda bez uzycia rak - poprawia zdolnosc ucieczki
    > pod wode. Czyli zawsze masz koszt i zysk. Do tego
    > dodaj 4,99% mutacji, które sa aktywne ale tylko w polaczeniu
    > z innymi mutacjami, które juz powstaly (jako neutralne,
    > tysiac lat temu) w populacji, tylko musi dojsc
    > gdzies do spotkania. Moze dopiero za tysiac lat.
    >
    > > Jeden osobnik np. stracil wage i moze wyzej
    > > skakac podczas polowania na owady. Drugi wytworzyl ciut
    > > grubsza skore i jest odporniejszy na negatywne oddzialywanie
    > > srodowiska. Po skrzyzowaniu mamy osobnika ktory nie ma sily
    > > dzwigac nowego pancerza... Opisany powyzej przypadek
    > > jest oczywiscie i tak mocno wyidealizowany. W praktyce
    > > po skrzyzowaniu takich dwoch osobnikow mozemy uzyskac
    > > osobnika nie majacego zadnej z dwoch nowo powstalych cech.
    >
    > No dobra, to dlaczego AG dzialaja ? :)
    > Zawsze mozemy mnozyc przyklady, w których 'innowacje' ewolucyjne
    > sie znosza i nie daja nic sensownego.
    > Bledy w powyzszym mysleniu widze takie: za duze skupienie na pojedynczych
    > osobnikach, za malo mowy o calej populacji. Jesli jest to jakas populacja
    > prymitywnych owadów, to byc moze bedzie to skutkowac tym, ze
    > te wyzej skaczace beda kopulowac na wyzszych galeziach, a te odporniejsze
    > w dolkach w ziemi - i z czasem obsadza dwie rózne nisze ekologiczne, gatunki
    > sie rozejda. Jesli beda to organizmy wysoko-rozwiniete tworzace
    > silnie zwiazane spolecznosci, to byc moze wiezy spoleczne przewaza
    > i po prostu beda sie rodzic rózne osobniki, ale ich odmiennosc nie bedzie
    > sie poglebiac. Jakis jeden czynnik losowy, np. ciezka zima moze
    > spowodowac, ze jednego roku wymrze 80% tych z genem skocznosci,
    > a tylko 20% tych z genem odpornosci. nastapi przesianie, sprofilowanie,
    > ukierunkowanie populacji. Dodatkowo, przy okazji, wyprowowany
    > zostanie inny gen: gen preferencji u samic, by wybierac samców odpornych
    > (wyczuja to nosem ?), a nie skocznych. Ostra zima moze wystapic
    > np 2000 lat po samym fakcie mutacji.
    >
    > > Raczej nie ma czegos takiego jak sprytne dziedziczenie pozytywnych
    > > cech w wyniku losowego krzyzowania. W wyniku losowego
    > > krzyzowania powstaje nastepna losowa kombinacja cech.
    > > Mamy zwykle losowe przeszukiwanie przestrzeni rozwiazan, a
    > > losowe przeszukiwanie ma zlozonosc wykladnicza, na
    > > ktora nie bylo czasu.
    >
    > To zalezy od tego, jaka przestrzen przeszukujemy :) Algorytm
    > dekompresji wyznacza sciezki rozwoju :)
    >
    > > Albo zycie na tej planecie trwa dluzej, albo powstalismy w
    > > wyniku bardzo wyrafinowanego procesu, znacznie lepszego
    > > niz mutacja, slekcja i krzyzowanie.
    >
    > Ja sie nie wtracam w kwestie tego, jak powstala pierwsza komórka.
    > To jest kosmos. Mozna sobie ew. podumac np. nad czyms
    takim:http://pl.wikipedia.org/wiki/Kodon
    > To jest jeden z najstarszych znanych elementów calej tej ukladanki,
    > niemal identyczny we wszystkich znanych organizmach zywych.
    > Pytania:
    > 1. czy jest to tabela skonstruowana optymalnie ? Czy ma jakies
    > znaczenie, ze tryptofan ma 1 kodon, a kilka innych az 6 (czy nawet
    > chyba jakistam ma 7) ? Mozna zadac pytania bardziej konkretne, np.
    > przebadac statystycznie jak wyglada zuzycie róznych aminokwasów
    > w bialkach - i jak te proporcje maja sie do tabelki.
    > 2. Jak konstrukcja tabelki chroni przed bledami/mutacjami, a gdzie
    > mutacje promuje ?
    > 3. Dlaczego jednak tabelka nie jest identyczna u wszystkich ? :)
    > Czyzby nawet w tej podstawowym, 'maksymalnie przepracowanym'
    > elemencie tez zostaly jeszcze slady stopniowej ewolucji ?


  • 19. Data: 2011-07-14 03:14:32
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: A.L. <l...@a...com>

    On Mon, 11 Jul 2011 13:14:41 -0700 (PDT), Mariusz Marszałkowski
    <m...@g...com> wrote:

    >
    >
    >Jakby ewolucja poslugiwala sie nowoczesnymi komputerami,
    >najnowszymi algorytmami to nawet gry w szachy by nie
    >zdazyla rozwiazac. A genetyka to odpowiednik przeszukiwania na
    >planszy ktora ma miliony pol... Skutecznosc natury jest
    >zadziwiajaca.

    Natura nie stosuje metod pzreszukiwania "na chama" ktore stosuje sie w
    szachch

    A.L.


  • 20. Data: 2011-07-14 09:41:18
    Temat: Re: wy?arzanie
    Od: "sielim" <s...@t...tez.wp.pl>

    Uzytkownik "Mariusz Marszalkowski" <m...@g...com> napisal w wiadomosci
    news:a7fe290c-fb8a-4747-a59b-81fc2ee84a40@j25g2000vb
    r.googlegroups.com...

    >Rozsadna obserwacja wydaje sie fakt, ze podobny genotyp daje
    >podobne fenotypy. W zgodzie z rozsadkiem mozna przyjac
    >ze pewne cechy osobnikow sa zdeterminowane przez kod
    >genetyczny.
    Jasne, nikt tego nie kwestionuje :) Natomiast wydaje mi sie, ze
    czasem dla dobra dyskusji wylaczyc z niej czlowieka, poniewaz
    wtedy latwiej ulec iluzji naszego 'niesamowitego rozwoju'.
    Trzeba miec caly czas swiadomosc, ze jakies 40 tys lat temu
    bylismy genetycznie praktycznie identyczni, jak obecnie.
    Dzisiejszy, rozwiniety, dorosly czlowiek nie jest produktem
    li tylko genów. Mozna siepokusic o twierdzenie, ze te same
    geny 40tys lat temu dalyby kogos duzo mniej zlozonego,
    np. umyslowo. Podobnie odpowiednia edukacja malp
    bonobo daje istoty istotnie bardziej zlozone, 'ludzkie',
    niz te zyjace w naturze.

    > Mozna pojsc w takich rozwazaniach dowolnie daleko, np. mozna na
    > dnie kubelkow narysowac siatke i oczkom siatki przypisac numery...
    Widze duza fiksacje na numerach, spróbujmu wtedy
    troche od tej strony :)

    > ustalic model podobnie skomplikowany jak genotyp. Jak to jest w
    > genetyce? Jaka miara podobienstwa jest najbardziej rozsadna?
    > W genetyce wazne sa pozycje i wartosci genow - mamy do czynienia z ta
    > trudniejsza wersja - wazne sa te numerki, nie tylko ilosci. Pewien
    > procent genow musi byc na okreslonych pozycjach. W uproszczeniu
    > genotyp to taka liczba o dlugosci milionow cyfr ktora jest punktem
    > startowym dla jakiegos algorytmu. Pewne efekty pracy tego
    > algorytmu sa zdeterminowane, inne zaleza od srodowiska zewnetrznego,
    > a moze sa i takie ktore sa
    >calkowicie losowe.
    No wiec w powyzszym widze pewien blad w mysleniu. Z tymi
    pozycjami to nie jest tak do konca, wazniejsze sa tzw.
    'promotory'
    http://pl.wikipedia.org/wiki/Promotor_genu
    Czyli waga locum jest istotna lokalnie, a nie globalnie.
    To zreszta równiez odróznia klasyczny AG od tego, co przewaza
    w naturze. Ale sa mniej klasyczne sposoby kodowania w AG,
    jak np. dla problemu komiwojazera, w których takze locum
    nie ma znaczenia dla fenotypu (w problemie komiwojazera,
    gdzie sciezke miedzy kolejnymi miastami zrzucamy bezposrednio
    do chromosomu, wazne wtedy jest sasiedztwo, nie lokum - no
    i trzeba odpowiednio zaprogramowac operator krzyzowania)

    Wielokrotnie zastanawialem sie nad tym, jak ujac kwestie
    mozliwosci ewolucji chromosomu, zeby przemawiala do wyobrazni
    i pozwalala uniknac podstawowych bledów.
    Wydaje mi sie, ze najwiecej problemów wynika z faktu, ze
    kod genetyczny sprawia wrazenie liniowego i tak sie o nim mysli.
    Tymczasem IMO dla wielu celów lepiej jest go sobie próbowac
    wyobrazic jako drzewo. Mozemy przyjac rózne kryteria
    okreslania co jest wezlem, a co galezia. Propozycja jest taka:
    najstarsze (i/lub najbardziej konserwatywne, czyli nie tolerujace
    zmian, strategiczne) fragmenty umieszczamy blizej korzenia,
    mlodsze w galeziach. Kiedy tworzymy lisc, fragmenty DNA
    bardziej konserwatywne umieszczamy blizej wezla, a fragmenty
    w których mutacje sa liczne (np. w róznych allelach w tym obszarze
    wystepuja liczne mutacje) na samym koncu. Pozostaje problem tzw.
    smieciowego DNA, ale proponuje je umieszczac w galeziach
    wg podobnych zasad, analizujac historyczne zwiazki z genami
    i nagromadzenie róznych mutacji.

    Powstaje nam w ten sposób obraz rosliny, która ma miejsca
    ewidentnie sztywne, ale tez ma ogromna liczbe swiezutkich
    lisci, które sie rozwijaja (maja potencjal rozwoju). Liscie sa
    tez bardzo róznorodne.

    Model ten ukazuje potencjal rozwojowy genotypu - nie jest
    on zupelnie dowolny, ale bardzo duzy. Pokazuje tez
    'stopniowe drewnienie genów'. W modelu tym tez widac
    wyraznie wzglednosc - nie operujemy bezwzglednym locum,
    ale jedynie locum w obszarze jakiejs galezi/liscia. I nawet w
    obszarze jednego liscia czesto locum nie musi byc
    dotrzymywane zbyt rygorystycznie (istnienie alleli o róznej
    liczbie nukleotydów ? - musze temat obadac).

    Mutacja w obrebie korzenia powoduje skrzywienie calego
    drzewa, zachwianie calej konstrukcji. Mutacje w obrebie lisci
    sa prawie niezauwazalne i cala populacja osobników nosi
    w sobie najrózniejsze warianty.

    Drzewo nie jest tu idealnym modelem. W rzeczywistosci
    lepszy bylby tu pelniejszy graf, ze wzgledu na wskazanie wiekszej
    liczby powiazan. Ale w przypadku grafu równiez mielibysmy
    cos w rodzaju splatanego krzaka, czyli struktury o wyraznie
    zarysowanym wezszym 'kompleksie korzeniowym' i bardziej
    rozbudowanym 'kompleksie lodygowo-lisciastym', a dowolny
    graf dwukierunkowy. przychodzi mi na mysl pojecie 'krata',
    tak nawiazujac do teorii grafów, ale moze zle kojarze.

    >A tak powaznie, to w calym genotypie moze byc bardzo malo
    >informacji, a bardzo duzo szumu, powstalego w wyniku wlasnie
    >losowej ewolucji. Np. moze byc tylko istotna kombinacja
    >jakis 100 genow, a reszta to malo istotne dodatki. Sto genow
    >to liczba akurat do zoptymalizowania na naszej planecie w
    >ciagu ostatnich 4mld lat. Jesli tylko mala ilosc genow jest
    >wazna, to mamy do czynienia ze stosunkowo bardzo prostym
    >zarodkiem ktory inicjuje algorytm... budujacy czlowieka.
    >Wiec miedzy innymi przepis na sztuczna inteligencje jest
    >stosunkowo prosty.
    No ale to jest tak, jakby powiedziec, ze mp3 jest stosunkowo
    prostym przepisem na kawal dobrej muzyki :)

    >Ale czy tak jest? Mocno zmutowany kod genetycznych
    >uniemozliwi wzrost i rozwoj osobnika. Raczej wazna
    >jest zdecydowanie wieksza czesc genow niz 100 sztuk.
    >Raczej mamy ogromna ilosc waznych genow i mamy
    >kodowanie pozycyjne a wiec wzrost wykladniczy. Ja mysle ze
    >ludzie ulegaja innemu zludzeniu, a mianowicie zludzeniu
    >podobienstwa :)
    Wracajac do modelu drzewa - tak, byc moze w przypadku czlowieka
    czy szympansa trzeba przyznac, ze drewniala lodyga jest
    juz dosc wysoka. Ale lisci równiez jest ciagle bez liku :)


    > Np. mam zagrozenie radioaktywne i do poziomu krytycznego
    > brakuje dwoch jednostek. Rodzi sie panika, przeicez tylko
    > TYLKO DWIE, zaraz pewnie wszyscy poumieramy. Ale dwie
    > jednostki w skali wykladniczej. To sie tylko wydaje ze brakuje
    > tylko dwoch. Podobnie poszla w swiat informacja ze
    > czlowiek od szympansa ma niewiele dluzszy genotyp i
    > kazdy kto nie zdaje sobie sprawy z szybkosci wzrostu
    > wykladniczego uznal ze jestesmy tacy sami jak
    > malpy.
    A, cholera, moze jestesmy ? :)
    Proponuje sobie wyobrazic, jak zyl czlowiek ledwie 40
    tys lat temu i czym sie róznila wtedy spolecznosc ludzka
    od spolecznosci goryli czy spolecznosci malp Bonobo :)
    Albo moze poczytac o Tarzanie, czy cus :)

    >galaktyki. Nastepna dziesiatka wyczerpuje oszacowanie
    >czasu - bysmy musieli zasiedlac caly kosmos i rozdawac
    >po jednej liczbie co roku. Jeszcze 2-3 dziesiatki do
    >wykladnika i wyczerpia sie zasoby na poziomie molekularnym...
    >
    >A kod genetyczny czlowieka o ile genow jest dluzszy od
    >kodu szympansa? Zdaje sie ze o kilkaset. Czyli do
    >wykladnika dodajemy nie kolejna dziesiatke, ale dodajemy
    >kilkaset! I to dodajemy do wiekszego wykladnika!
    >Jak wierzyc ze ulegamy zludzeniu roznorodnosci
    >jesli zdamy sobie sprawe ze wzrostu wykladniczego?

    Prawde mówiac, jak patrze sobie na model drzewa
    z licznymi, zieloniutkimi, swiezymi lisciami, to nie
    bardzo wiem, o czym mówisz :) O co chodzi z tym
    'wykladnicza' ?

    > Raczej ulegamy zludzeniu podobienstwa. Wydaje sie nam
    Moim zdaniem jest odwrotnie. Zdziwilbym sie, gdybym
    znalazl owady, które zamiast starej dobrej chityny, cukru
    zlozonego, uzywajado budowy pancerzy zwiazku metali :)
    Skoro jednak uzywaja, podobnie zreszta, jak grzyby - chityny,
    jako podstawowego budulca - od milionów lat - to cos jest
    chyba na rzeczy z tym podobienstwem ? A rosliny - celuloza
    - tez cukier zlozony. Cie choroba, zaklety krag jakis ? :)

strony : 1 . [ 2 ] . 3


Szukaj w grupach

Szukaj w grupach

Eksperci egospodarka.pl

1 1 1

Wpisz nazwę miasta, dla którego chcesz znaleźć jednostkę ZUS.

Wzory dokumentów

Bezpłatne wzory dokumentów i formularzy.
Wyszukaj i pobierz za darmo: