Nie sprawdziłem tego ale pomysł mam taki:

Zainstaluj Cygwin.
(To łatwa sprawa domyślnie wybiera prawie wszystko co trzeba, resztę się
klika, tylko trzeba zwrócić uwagę i podać sensowny katalog plików
instalacji - aby potem (jakby trzeba coś dodać lub usunąć) nie ściągać
wszystkiego od początku).

Jak już będziesz miał Cygwin na dysku, to piszesz zwykły skrypt *.sh i
tam w pętli odpalasz polecenia:
program_1.exe arg_1 arg_2 < file_1.txt | program_2.exe > file_2.txt &

Z tym "&" na końcu, to wtedy polecenie będzie odpalane w odrębnej
powłoce zamiast sekwencyjnie. O ile mi wiadomo to powinno zadziałać bez
pudła.