Przeprowadziłem testy szybkości zapisu FAT32 (jedn. alok. 4096 bajtów)
vs NTFS (4096 bajtów):

Pen 8 GB Patriot Rage XT.

Nagrywałem po 3 pliki po 511 MB każdy (w sumie 6 różnych plików, żeby
nie było pobierania do nagrania z żadnego bufora).

FAT 32:
Chyba nie korzystał z dużego bufora. Nagrywanie trwało 107 sekund
(średnio 14.3 MB/s). Początkowo system pokazywał transfer ok 12.5 MB/s,
po chwili wskoczył na 14.3-14.5. Przerwałem odliczanie gdy dioda pena
przestała mrugać (kilka sek po tym, jak system pokazał, że pliki przegrano).

NTFS:
Zdecydowanie inny bufor. Zaczął od 100 MB/s, zgrał prawie cały jeden
plik i tak się zatrzymał, potem transfer pokazywał grubo ponad 20 MB/s,
ale drugi raz się zatrzymał i znowu czekał. Ostatecznie pen skończył
mrugać po 102 sekundach (średnio 15.0 MB/s).

Wniosek: NTFS jest szybszy, ale nieznacznie.