Uzytkownik "Mariusz Marszalkowski" <m...@g...com> napisal w wiadomosci
news:a7fe290c-fb8a-4747-a59b-81fc2ee84a40@j25g2000vb
r.googlegroups.com...

>Rozsadna obserwacja wydaje sie fakt, ze podobny genotyp daje
>podobne fenotypy. W zgodzie z rozsadkiem mozna przyjac
>ze pewne cechy osobnikow sa zdeterminowane przez kod
>genetyczny.
Jasne, nikt tego nie kwestionuje :) Natomiast wydaje mi sie, ze
czasem dla dobra dyskusji wylaczyc z niej czlowieka, poniewaz
wtedy latwiej ulec iluzji naszego 'niesamowitego rozwoju'.
Trzeba miec caly czas swiadomosc, ze jakies 40 tys lat temu
bylismy genetycznie praktycznie identyczni, jak obecnie.
Dzisiejszy, rozwiniety, dorosly czlowiek nie jest produktem
li tylko genów. Mozna siepokusic o twierdzenie, ze te same
geny 40tys lat temu dalyby kogos duzo mniej zlozonego,
np. umyslowo. Podobnie odpowiednia edukacja malp
bonobo daje istoty istotnie bardziej zlozone, 'ludzkie',
niz te zyjace w naturze.

> Mozna pojsc w takich rozwazaniach dowolnie daleko, np. mozna na
> dnie kubelkow narysowac siatke i oczkom siatki przypisac numery...
Widze duza fiksacje na numerach, spróbujmu wtedy
troche od tej strony :)

> ustalic model podobnie skomplikowany jak genotyp. Jak to jest w
> genetyce? Jaka miara podobienstwa jest najbardziej rozsadna?
> W genetyce wazne sa pozycje i wartosci genow - mamy do czynienia z ta
> trudniejsza wersja - wazne sa te numerki, nie tylko ilosci. Pewien
> procent genow musi byc na okreslonych pozycjach. W uproszczeniu
> genotyp to taka liczba o dlugosci milionow cyfr ktora jest punktem
> startowym dla jakiegos algorytmu. Pewne efekty pracy tego
> algorytmu sa zdeterminowane, inne zaleza od srodowiska zewnetrznego,
> a moze sa i takie ktore sa
>calkowicie losowe.
No wiec w powyzszym widze pewien blad w mysleniu. Z tymi
pozycjami to nie jest tak do konca, wazniejsze sa tzw.
'promotory'
http://pl.wikipedia.org/wiki/Promotor_genu
Czyli waga locum jest istotna lokalnie, a nie globalnie.
To zreszta równiez odróznia klasyczny AG od tego, co przewaza
w naturze. Ale sa mniej klasyczne sposoby kodowania w AG,
jak np. dla problemu komiwojazera, w których takze locum
nie ma znaczenia dla fenotypu (w problemie komiwojazera,
gdzie sciezke miedzy kolejnymi miastami zrzucamy bezposrednio
do chromosomu, wazne wtedy jest sasiedztwo, nie lokum - no
i trzeba odpowiednio zaprogramowac operator krzyzowania)

Wielokrotnie zastanawialem sie nad tym, jak ujac kwestie
mozliwosci ewolucji chromosomu, zeby przemawiala do wyobrazni
i pozwalala uniknac podstawowych bledów.
Wydaje mi sie, ze najwiecej problemów wynika z faktu, ze
kod genetyczny sprawia wrazenie liniowego i tak sie o nim mysli.
Tymczasem IMO dla wielu celów lepiej jest go sobie próbowac
wyobrazic jako drzewo. Mozemy przyjac rózne kryteria
okreslania co jest wezlem, a co galezia. Propozycja jest taka:
najstarsze (i/lub najbardziej konserwatywne, czyli nie tolerujace
zmian, strategiczne) fragmenty umieszczamy blizej korzenia,
mlodsze w galeziach. Kiedy tworzymy lisc, fragmenty DNA
bardziej konserwatywne umieszczamy blizej wezla, a fragmenty
w których mutacje sa liczne (np. w róznych allelach w tym obszarze
wystepuja liczne mutacje) na samym koncu. Pozostaje problem tzw.
smieciowego DNA, ale proponuje je umieszczac w galeziach
wg podobnych zasad, analizujac historyczne zwiazki z genami
i nagromadzenie róznych mutacji.

Powstaje nam w ten sposób obraz rosliny, która ma miejsca
ewidentnie sztywne, ale tez ma ogromna liczbe swiezutkich
lisci, które sie rozwijaja (maja potencjal rozwoju). Liscie sa
tez bardzo róznorodne.

Model ten ukazuje potencjal rozwojowy genotypu - nie jest
on zupelnie dowolny, ale bardzo duzy. Pokazuje tez
'stopniowe drewnienie genów'. W modelu tym tez widac
wyraznie wzglednosc - nie operujemy bezwzglednym locum,
ale jedynie locum w obszarze jakiejs galezi/liscia. I nawet w
obszarze jednego liscia czesto locum nie musi byc
dotrzymywane zbyt rygorystycznie (istnienie alleli o róznej
liczbie nukleotydów ? - musze temat obadac).

Mutacja w obrebie korzenia powoduje skrzywienie calego
drzewa, zachwianie calej konstrukcji. Mutacje w obrebie lisci
sa prawie niezauwazalne i cala populacja osobników nosi
w sobie najrózniejsze warianty.

Drzewo nie jest tu idealnym modelem. W rzeczywistosci
lepszy bylby tu pelniejszy graf, ze wzgledu na wskazanie wiekszej
liczby powiazan. Ale w przypadku grafu równiez mielibysmy
cos w rodzaju splatanego krzaka, czyli struktury o wyraznie
zarysowanym wezszym 'kompleksie korzeniowym' i bardziej
rozbudowanym 'kompleksie lodygowo-lisciastym', a dowolny
graf dwukierunkowy. przychodzi mi na mysl pojecie 'krata',
tak nawiazujac do teorii grafów, ale moze zle kojarze.

>A tak powaznie, to w calym genotypie moze byc bardzo malo
>informacji, a bardzo duzo szumu, powstalego w wyniku wlasnie
>losowej ewolucji. Np. moze byc tylko istotna kombinacja
>jakis 100 genow, a reszta to malo istotne dodatki. Sto genow
>to liczba akurat do zoptymalizowania na naszej planecie w
>ciagu ostatnich 4mld lat. Jesli tylko mala ilosc genow jest
>wazna, to mamy do czynienia ze stosunkowo bardzo prostym
>zarodkiem ktory inicjuje algorytm... budujacy czlowieka.
>Wiec miedzy innymi przepis na sztuczna inteligencje jest
>stosunkowo prosty.
No ale to jest tak, jakby powiedziec, ze mp3 jest stosunkowo
prostym przepisem na kawal dobrej muzyki :)

>Ale czy tak jest? Mocno zmutowany kod genetycznych
>uniemozliwi wzrost i rozwoj osobnika. Raczej wazna
>jest zdecydowanie wieksza czesc genow niz 100 sztuk.
>Raczej mamy ogromna ilosc waznych genow i mamy
>kodowanie pozycyjne a wiec wzrost wykladniczy. Ja mysle ze
>ludzie ulegaja innemu zludzeniu, a mianowicie zludzeniu
>podobienstwa :)
Wracajac do modelu drzewa - tak, byc moze w przypadku czlowieka
czy szympansa trzeba przyznac, ze drewniala lodyga jest
juz dosc wysoka. Ale lisci równiez jest ciagle bez liku :)


> Np. mam zagrozenie radioaktywne i do poziomu krytycznego
> brakuje dwoch jednostek. Rodzi sie panika, przeicez tylko
> TYLKO DWIE, zaraz pewnie wszyscy poumieramy. Ale dwie
> jednostki w skali wykladniczej. To sie tylko wydaje ze brakuje
> tylko dwoch. Podobnie poszla w swiat informacja ze
> czlowiek od szympansa ma niewiele dluzszy genotyp i
> kazdy kto nie zdaje sobie sprawy z szybkosci wzrostu
> wykladniczego uznal ze jestesmy tacy sami jak
> malpy.
A, cholera, moze jestesmy ? :)
Proponuje sobie wyobrazic, jak zyl czlowiek ledwie 40
tys lat temu i czym sie róznila wtedy spolecznosc ludzka
od spolecznosci goryli czy spolecznosci malp Bonobo :)
Albo moze poczytac o Tarzanie, czy cus :)

>galaktyki. Nastepna dziesiatka wyczerpuje oszacowanie
>czasu - bysmy musieli zasiedlac caly kosmos i rozdawac
>po jednej liczbie co roku. Jeszcze 2-3 dziesiatki do
>wykladnika i wyczerpia sie zasoby na poziomie molekularnym...
>
>A kod genetyczny czlowieka o ile genow jest dluzszy od
>kodu szympansa? Zdaje sie ze o kilkaset. Czyli do
>wykladnika dodajemy nie kolejna dziesiatke, ale dodajemy
>kilkaset! I to dodajemy do wiekszego wykladnika!
>Jak wierzyc ze ulegamy zludzeniu roznorodnosci
>jesli zdamy sobie sprawe ze wzrostu wykladniczego?

Prawde mówiac, jak patrze sobie na model drzewa
z licznymi, zieloniutkimi, swiezymi lisciami, to nie
bardzo wiem, o czym mówisz :) O co chodzi z tym
'wykladnicza' ?

> Raczej ulegamy zludzeniu podobienstwa. Wydaje sie nam
Moim zdaniem jest odwrotnie. Zdziwilbym sie, gdybym
znalazl owady, które zamiast starej dobrej chityny, cukru
zlozonego, uzywajado budowy pancerzy zwiazku metali :)
Skoro jednak uzywaja, podobnie zreszta, jak grzyby - chityny,
jako podstawowego budulca - od milionów lat - to cos jest
chyba na rzeczy z tym podobienstwem ? A rosliny - celuloza
- tez cukier zlozony. Cie choroba, zaklety krag jakis ? :)