On 2016-04-10 11:57, badworm wrote:
> Zegar jest ok. Wyjście, którego stan jest zmieniany w przerwaniu od
> timera wywoływanym co 1 sekundę, działa jak trzeba niezależnie od tego,
> którym kompilatorem skompiluję program.

Więc szukaj:
a) problemów z jakimś delay(), prawdopodobnie jest napisana przez dyletanta
b) zainteresuj się czy przerwania "wyrabiają" się poprzez ich eliminacje
c) Zwróć uwagę czy aby na pewno poprawnie ustawiasz bity, np., stary gcc
mógł gdzieś dawać zero a nowy uninitialized w wyniku błedów w kodzie.
Sprawdź warningi.

Nie mialem problemów tego typu z kodem przy migracji gcc na avr i arm.
Zazwyczaj było lepiej lub tak samo poza corner cases jak liczenie
floatów gdzie często są bugi.