Jest pewien postęp.
1) Przyczyna niedziałania AVRISP MKII okazała się być banalna. Wychodzi
na to, że nie wystarczyło dodać plik konfiguracyjny w /etc/udev/rules.d/
i zrestartowac konfigurację z linii poleceń. Konieczny był całkowity
restart systemu, Po tej operacji urządzenia zaczęły się komunikować.
2) Przez programator byłem w wstanie wgrać hexa z bootloaderem. Wychodzi
więc na to, że nie był on wgrany fabrycznie.
3) Ponieważ flash MCU był pusty, bootloader wystartował samoczynnie.
Pojawił się na liscie urządzeń zwracanych przez lsusb. Program
dfu-programmer także go widział, za jego pomocą byłem w stanie wgrać
prosty przykład z miganiem diodą, który uruchomił się po resecie.

I tu kończy się dobra pasa. Nie jestem w stanie ponownie wejść w tryb
bootloadera. Wciskam przycisk zwierająct PE5 do masy, naciskam reset,
trzymam przez chwilę, puszczam reset a następnie PE5. Uruchamia się
program migający diodą, zamiast bootloadera.

Ta nota mówi, że w przypadku atxmega128a3u odpowiednim pinem jest PE5.
https://www.mouser.com/ds/2/268/doc8429-1066104.pdf

BTW, tak przy okazji. Na płytce mam też układ Wiznet W5100. Jeszcze nie
jest obsłużony programowo, ale po podpięciu kabla ethernetowego do
gniazdka świeci dioda informująca o połączeniu i miga ta oznaczająca
aktywność. Zauważyłem natomiast, że przy odpiętym kablu scalak grzeje
się dużo mocniej, niż przy podłączonym. W tym pierwszym przypadku jest
zauważalnie rozgrzany - nie na tyle, żeby parzył i nie dało się go
dotknąć, ale jednak. W drugim przypadku jest ledwie ciepły.
To normalne?