Użytkownik "Mariusz Marszałkowski" <m...@g...com> napisał w wiadomości
news:0e23e8f9-ea98-46f0-b2c4-33a52c5fc909@fv14g2000v
bb.googlegroups.com...

>> Porównujesz rzeczy na zupełnie innych poziomach skomplikowania.
>No wlasnie, ja porownuje proste obiekty jak fabryki samochodow i juz
>nie widac szans na sensowna zmiane w wyniku losowych prob. A co dopiero
> tak skomplikowane obiekty jak organizmy zywe? 300 kresek nie da sie
> losowo ustawic we wlasciwym miejscu, a gdzie miliony genow?

Pozwolę sobie wejść w tym miejscu w słowo, odnosząc siędo większej
ilości tematów poruszanych w wątku.

1. Co do podwójnych organów: słowo klucz: homeobox, geny homeotyczne.
Jakaś zmiana, zaburzenie gdzieś w początkowych fazach, kiedy jest
konstruowany wstępny plan budowy - może skutkować np. powieleniem
organu. To nie musi być zmiana w genie, zaburzenie może mieć
inne przyczyny i nie będzie dziedziczone.

2. AG a natura - słabe wyniki AG.
Jest kilka spraw, które istotnie różnią AG od natury.
Jedną z nich jest ogromna, wielopoziomowa złożoność fenotypu
w naturze. AG zaś niemal zawsze przechodzi bezpośrednio
od genotypu do fenotypu, tzn. np. bardzo często parametrami
funkcji oceny są nawet wartości bezpośrednio umieszczone
w genotypie. W naturze nawet najprostsze bakterie czy wirusy
konstruują fenotypy złożone, a przynajmniej potrzebują
środowiska, które w bardzo złożony sposób odpowiada
na to, co jest zakodowane, przez tworzenie rozbudowanych
struktur. Powyższy fakt sprawia, że już nawet najprostsze
organizmy są zbyt złożone, by pozwolić sobie na zupełnie
dowolne mutacje i krzyżowania na zasadzie 'każdy z każdym'.
Np. nowy wirus grypy powstał z interakcji kilku innych wirusów
grypy.

3. Siła obliczeniowa komputera molekularnego. Ten aspekt
imo rzadko się podnosi, ale póki co AG na tym polu zupełnie
ustępują pola naturze. W naturze mamy podwójną helisę
DNA i inne mechanizmy duplikacji genów. Dzięki temu mutacja
jakiegoś genu nie musi oznaczać wycofania jego poprzedniej wersji
- tylko wprowadza do RÓWNOLEGŁEGO testowania jakąś
inną jego wersję. Obok istniejącego, funkcjonalnego białka
pojawia się podobne (lub może i zupełnie inne - lub nic) białko,
które 'wpada' do komórkowego 'komputera molekularnego'
i wchodzi w interakcje ze wszystkim, co tam jest. Dzięki
zachowaniu orginalnej wersji, ryzyko utraty pierwszej funkcji
jest zminimalizowane (ale żeby nie było zbyt różowo -
nie wyeliminowane - oczywiście sprawa jest bardziej złożona,
sama zmiana stężenia na skutek zmniejszonej produkcji
orginału już może być znacząca- jeśli produkcja nie jest
osobno regulowana), a jednocześnie, w ukryciu zachodzi
test nowego rozwiązania - które będze albo neutralne,
albo aktywne (np. wejdzie w interakcję z jakimś innym, dotąd
neutralnym białkiem, które pojawiło się setki pokoleń
wcześniej - i powstanie coś nowego, albo np.
dostaniemy 'jedynie' nowy tzw. inhibitor allosteryczny, który
nieco obniży szybkość działania enzymu).
Aby uzyskać coś podobnego w AG trzeba by wprowadzić
przynajmniej jakąś warstwę pośrednią między genotypem
a fenotypem, która by produkowała jakieś cegiełki i szukała
interakcji między nimi, dopuszczała gromadzenie cegiełek
neutralnych przez wiele pokoleń itp. Po mutacji nowa cegiełka
musiałaby być badana na interakcje ze wszystkimi
(powiedzmy: z dużą ilością) innymi cegiełkami. Tu kłania się
rosnąca złożoność obliczeniowa wraz z wzrostem długości
genotypu (kolejny element w naturze a nieobecny w
klasycznym AG: przyrastający genotyp - tu ew. można
podać próby budowy AG w oparciu o drzewiaste chromosomy).
Ale tu też bym szukał rozwiązania dla zagadki typu: jak to się
stało, że mechanizmy komórkowe wyewoluowały 'tak szybko'.
Czyli: Podwójna helisa DNA i związane z nią zrównoleglenie
obliczeń z wykorzystaniem naturalnego procesora
molekularnego.

4. Filozoficznie: Z porównywaniem wytworów ludzkich do złożonych
wytworów natury trzeba być bardzo ostrożnym. To jest inna 'filozofia
podejścia'.
Dlatego też nie da się ukryć - ewolucja produktów ludzkich jest
teraz o rzędy wielkości szybsza, niż ewolucja produktów natury.
Inny jest też podstawowy zamysł konstrukcyjny, pomysł na cegiełkę
i jej rozwój. W przypadku wytworów natury na pierwszym miejscu
wyskakuje mi skojarzenie z fraktalem. W dużym przybliżeniu można
powiedzieć, że natura za punkt wyjścia przyjęła sobie iteracyjny,
fraktalny model budowy wszystkiego, który wchodzi w interakcję
z przestrzenia fizyczną i z masą innych kiełkujących w pobliżu fraktali.
To takie nakładanie się na siebie półproduktów, które są
upakowywane w wąskiej przestrzeni i stają się wejściami do kolejnych
iteracji. Produkty i półprodukty powodują wielokrotne przełączanie się
funkcji na kolejne warianty, co powoduje, że zmieniając skalę, optykę
i czas, zmienia się też sama funkcja. U podstaw tego mechanizmu leżą
mechanizmy regulacji ekspresji genów - a potem wielopiętrowe
mechanizmy kolejne, które na innych, wyższych poziomach abstrakcji
elementów fenotypu tworzą kolejne mechanizmy regulacji, korekt,
autonapraw, zależności ...
Produkty ludzkie maja z tym tyle wspólnego, że również mają wiele
poziomów abstrakcji. Ale poza tym wszystko, poczynając od najbardziej
elementarnych cegiełek - jest tworzone i rozwijane inaczej.
Dodam, że strukturę iteracyjną, przypominającą fraktale ma już
sam kod genetyczny, potem budowane na jego podstawie białka,
potem większe struktury - błony, komórki, tkanki, ogany ...
Zmiana w genie może skutkować skręceniem białka, zablokowaniem
jego produkcji, zmianą stężenia, może nic nie znaczyć - to może
skutkować konsekwencjami na wyższym poziomie - minimalnymi
lub diametralnymi. Jak we fraktalu: zmiany parametrów w niektórych
obszarach powodują minimalne przesunięcie, które w efekcie
nic nie zmienia. Zmiana parametru w obszarze, kiedy funkcja
daje wyniki w okolicach nieustalonej granicy może dać skutki
zupełnie nieprzewidywalne, dać kolejny pączek czegoś, czego
w tym miejscu nigdy wcześniej nie było (ale coś podobnego
mogło być w innym miejscu i czasie/iteracji - i powstanie
podobieństwo).


Ufff ...