W dniu 21.09.2018 o 22:24, J.F. pisze:
> Dnia Fri, 21 Sep 2018 19:09:18 +0200, Jarosław Sokołowski napisał(a):
>> Pan J.F. napisał:
>>>>>>> Pamietam, ze np chemicy intensywnie symulowali jakies czasteczki,
>>>>>>> i to chyba numeryczne rozwiazywania rownan Schroedingera bylo.
>>>>>>> I nawet mowili - dzis liczymy najprostsze ... a przeciez jest DNA
>>>>>>> i enzymy ...
>>>>>> Znaczy się potrzebują więcej mocy obliczeniowej, pamięci i flopów.
>>>>>> Metody obliczeniowe i biblioteki pozostają te same.
>>>>> Cos, co sie nadaje do 3 atomow, niekoniecznie sie nadaje do 1000
>>>>> atomow.
>>>>> Albo np mozna znacznie przyspieszyc obliczenia ograniczajac sie do
>>>>> obliczenia wplywu tylko najblizszych atomow, a nie wszystkich ..
>>>> Jakieś inne szredingery, czy takie, co są superpozycją nadających
>>>> i nienadających się?
>>>
>>> Jakos tak, tylko cos mi chodzi po glowie, ze przy wiekszej ilosci
>>> atomow to te bliskie wplywaja na orbitale, a te dalsze wplywaja malo
>>> ... pomijalnie malo.
>>
>> Jeśli pomijalnie mało, to czy nadal nie można ich pomijać (przy tysiącu)?
>
> Przy kilku atomach uwzgledniasz wszystkie, czy tam kazdy z kazdym, bo
> wszystkie sa blisko.
> Przy tysiacu uzwgledniasz kilka najbliszych, bo reszta jest daleko i
> ma znikomy wplyw.

Pozwólcie, że się wtrącę :-)
Chemicy, którzy nie zajmują się modelowaniem molekularnym, zwykle
wykorzystują program Gaussian. Nie wiem jednak, czy z czystym sumieniem
mogę odesłać do opisów tego programu, z całym szacunkiem, dla kogoś, kto
nie siedzi w chemii, może to być jak próba wyjaśnienia transformacji
operatorowej poloniście. Ale na pewno da się zauważyć, jak daleko
wychodzimy poza równanie Schrodingera.
Czy odległe atomy oddziaływują na siebie? Jeśli jesteście
zainteresowani, proponuję poczytać o regułach orientacji w aromatycznej
substytucji elektrofilowej. Trzeba będzie poświęcić nieco czasu na
zrozumienie mezomerii, proste przeczytanie definicji w Wikipedii jest
tego czasu marnowaniem. Już na tak prostym przykładzie widać, że
zagadnienie nie jest trywialne.
Co to znaczy, że atomy są blisko lub daleko od siebie? Wzory cząsteczek
rysujemy na papierze. Prowadzi to do błędnego obrazu płaskości, w
rzeczywistości cząsteczka nie jest płaska i atomy pozornie odległe mogą
być bardzo blisko. Może to dziwne w czasach powszechnego wykorzystywania
komputerów, ale chemicy stosują modele Dreidinga. "Drajdingi" oddają
kąty i długości wiązań i są łatwo montowalne. Jeśli ktoś ma praktykę, to
model kilkunastowęglowej cząsteczki zbuduje w dwie minuty. Policzenie
tego na dobrym pececie zajmuje dobę. I trzeba programowi podpowiadać, bo
pozostawiony sam sobie potrafi policzyć durnotę.
Z kwestii oczywistych: w cząsteczkach pojawiają się grupy naładowane, na
przykład COO- lub NH3+. Tworzą one pole elektryczne , które w oczywisty
sposób oddziaływuje na orbitale, które są przecież chmurą ładunku. Inny
przykład to grupa karbonylowa C=O która jest dipolem. Jeśli w pobliżu
znajdzie się jakieś ugrupowanie, to oddziaływanie jest zrozumiałe.

P.P.